Le Vieux-Port, abrité par les tours médiévales de la Chaîne et Saint-Nicolas, a servi de point de départ aux expéditions vers la Nouvelle-France au XVIIe siècle et reste le cœur nautique de la ville. Les quais en pierre, construits entre 1595 et 1628, ont vu le départ de la flotte de Samuel de Champlain et l'embarquement des réfugiés huguenots fuyant les persécutions religieuses.
Aujourd'hui, le port fonctionne à la fois comme un port en activité et un pôle touristique. Les opérateurs d'excursions en catamaran à La Rochelle envoient des navires vers Fort Boyard, la forteresse elliptique achevée en 1857 après trois décennies de travaux sur un banc de sable à 20 kilomètres au large. Les murs de granit du fort s'élèvent à 20 mètres au-dessus de la marée haute, et sa silhouette caractéristique ancre le paysage marin entre l'île d'Oléron et l'île d'Aix. D'autres itinéraires de balades en bateau à La Rochelle traversent le détroit du Pertuis d'Antioche, long de trois kilomètres, jusqu'à l'île de Ré, île barrière de 30 kilomètres dont les marais salants et les villages fortifiés façonnent le commerce régional depuis l'occupation romaine.
Les excursions modernes en bateau à La Rochelle partent des quais le long du Cours des Dames, où les maisons de marchands du XVIIIe siècle font face à l'eau. Les services de navettes maritimes vers l'île de Ré fonctionnent toutes les heures pendant la haute saison, transportant les cyclistes et les piétons qui évitent le pont à péage de 2 926 mètres ouvert en 1988. La flotte de catamarans à La Rochelle comprend à la fois des ferrys rapides et des catamarans de loisir équipés pour l'exploration côtière. Les navires naviguent devant le Phare des Baleines de l'île de Ré, un phare de 57 mètres commandé en 1854, et font le tour du périmètre de Fort Boyard pendant que les guides racontent sa transformation d'installation militaire en plateau de télévision.
L'excursion en catamaran à La Rochelle vers Fort Boyard couvre environ 40 milles marins aller-retour, traversant des eaux où la Charente rencontre les courants atlantiques. Les marées de printemps dans le Pertuis peuvent dépasser cinq mètres, et les capitaines programment les départs à l'étale pour un passage plus fluide. Les deux tours du port, reliées jusqu'en 1651 par une chaîne de fer fermant le port la nuit, encadrent chaque départ et retour, leurs façades en calcaire étant marquées par les canonnades anglaises lors du siège de 1627-1628.
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